Vibe Coding Level 301 連携編

第3回 PubMed MCP ハンズオン

このレッスンで終わる頃には

NCBIのAPIキーを取得し、PubMedをClaudeから使える状態にできる
「この疾患の最新ガイドライン論文を3本要約して」を一発で実行できる
MCPを繋ぐ手順の感覚が身につき、他のMCPにも応用できる

「論文を探す」という手間

外来が終わった後、こういう場面があります。

今日みた珍しい所見、文献確認しておきたい
学会発表の参考文献、もう少し最新のものを探したい
研修医に「ガイドラインのエビデンスどこですか」と聞かれた

PubMedを開く。英語でキーワードを打つ。ヒット数が多くて絞り込む。アブストラクトを読む。本文が必要ならDOIを開く。これを5本繰り返すと30分は経ちます。

PubMed MCPを使うと、この作業がClaudeへの一文になります。

小児喘息の吸入ステロイドに関する、2022年以降のRCTを5本要約して

Claudeが検索し、取得し、整理して返します。

事前準備：NCBIアカウントとAPIキー

PubMed MCPにはNCBIのAPIキーが必要です。取得は5分、無料です。

ステップ1：NCBIアカウントを作る

NCBI（米国国立生物工学情報センター）のサイトにアクセスし、「Sign in to NCBI」からアカウントを作ります。

メールアドレスがあれば登録できます。 Googleアカウントでのサインインも使えます。

ステップ2：APIキーを発行する

ログイン後、右上のアカウント名をクリック → 「Account settings」へ。

ページ中段に「API Key Management」というセクションがあります。「Create an API Key」を押すと、英数字の文字列が表示されます。

これがAPIキーです。コピーして、安全な場所（メモアプリなど）に保存しておきます。

注意：APIキーはパスワードと同じです。GitHubや共有ドキュメントには絶対に貼らないでください。

インストール：MCP本体を入れる

PubMed MCPにはいくつかの実装があります。2026年5月時点で動作が確認されているのは @cyanheads/pubmed-mcp-server です。

Claude Codeが動いているターミナルで、以下を実行します。

claude mcp add pubmed-server --command npx --args "-y,@cyanheads/pubmed-mcp-server"

または、設定ファイルを直接編集する方法もあります（下の「設定」セクション参照）。

注意（2026年5月時点）: PubMed MCP の実装は複数の開発者が公開しており、パッケージ名や設定方法が変わる場合があります。上記コマンドがうまくいかない場合は、npmjs.com で pubmed-mcp-server を検索して最新の実装を確認してください。

設定：APIキーを渡す

MCPの設定ファイルにAPIキーを登録します。

設定ファイル（~/.claude.json または ~/.config/claude/claude_desktop_config.json）を開き、mcpServers セクションに以下を追加します：

{
  "mcpServers": {
    "pubmed-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@cyanheads/pubmed-mcp-server"],
      "env": {
        "NCBI_API_KEY": "あなたのAPIキーをここに"
      }
    }
  }
}

動作確認

Claude Codeを再起動して、試しに話しかけます。

PubMedで「pediatric asthma inhaled corticosteroids」を検索して、2022年以降の論文を5本タイトルだけ教えて

数秒で、PubMedの検索結果が返ってきます。

これが動けば、接続成功です。

実際に使う：医療場面の例

外来での新患対応後

今日の外来で、ガラクトース血症の新患がいました。
PubMedでガラクトース血症の最新マネジメントについて、
2020年以降のレビュー論文を3本要約してください。

Claudeが検索し、アブストラクトを読んで整理します。 10分かかっていた文献確認が、30秒で終わります。

学会発表の参考文献集め

PubMedで「early-onset sepsis neonatal」を検索して、
2021年以降でSystematic ReviewかMeta-analysisのものを5本、
タイトル・著者・年・DOIの形式で一覧にしてください

参考文献リストの下書きがそのまま出てきます。

研修医への指導

研修医に「CRPが上がってても抗生剤が必要じゃないことがある」という話をしました。
根拠になるガイドラインや最近の論文を、PubMedで探して
わかりやすい解説をつけてください

エビデンスの出どころを、その場でClaudeが調べて返します。

複数MCPと組み合わせる

PubMed MCPが動いたら、他のMCPと組み合わせると力が倍増します。

Notion MCPも繋いだ状態なら：

PubMedで小児腸重積のエビデンスを5本検索して、
内容を要約した上でNotionの「研究メモ」ページに追記しておいて

検索と保存が一発で終わります。

こういう組み合わせが、Lesson 04以降のテーマです。

よくあるエラーと対処

「PubMed MCPが見つかりません」

Claude Codeを再起動してください。 MCPの設定はClaude Code起動時に読み込まれます。

「APIキーが無効です」

設定ファイルのAPIキーを確認してください。コピーした際に余分なスペースが入っていることがあります。

「検索結果が0件です」

英語でのキーワードを試してください。 PubMedは英語論文データベースです。日本語のキーワードは認識できません。

セキュリティ確認

PubMed MCPを使う際の確認事項です。

PubMedは公開データベースへの検索です。患者情報を入力する必要はありません。

やっていいこと：

疾患名・治療名・薬剤名での検索
「小児喘息」「抗生剤適正使用」などの一般的な検索語

やってはいけないこと：

患者の氏名・ID・固有情報を含む検索
「田中さんの○○という症状」のような個人を特定できる情報

まとめ

NCBIアカウントとAPIキーを取得する（5分・無料）
npx @cyanheads/pubmed-mcp-server 等の実装を設定ファイルで登録
設定ファイルにAPIキーを登録
「PubMedで〇〇を検索して」と話しかければ動く
他のMCPと組み合わせると、検索→保存が一発で完結

次は Lesson 04。Notion・Slack・Calendarを繋ぎ、情報の「受け取り→整理→共有」を自動化します。

演習：3パターン試す

PubMed MCPが繋がったら、以下の3パターンを試してください。

パターン1：短い

PubMedで「RSウイルス 乳児」の2022年以降の論文を5本検索して

パターン2：フォーマット指定

PubMedで「neonatal hypoglycemia management」を検索して、
2021年以降の論文を3本、タイトル・著者・年・DOIの形式で一覧にして

パターン3：自分の業務に近い検索語 自分の専門領域で、最近気になっているテーマを1つ選んで自由に試してください。